小便時膀胱疼，有可能是泌尿系感染導致，女性也可能由婦科炎症導致。在泌尿系統疾病中，膀胱炎最常引起小便膀胱痛，可以同時伴有尿頻、尿急。另外，間質性膀胱炎也是女性常見的病因。而男性常見於慢性前列腺炎，由於前列腺炎性刺激盆腔和膀胱頸部導致小腹疼痛。

非泌尿系統疾病中，盆腔炎、宮頸炎也可能導致這種情況。